敷地は長崎港に面する東山手地区にあり，長崎の3つの観光地（グラバー園，出島，中華街）の中心に位置する．同一敷地にあった老朽化した市民病院と別の場所にあった成人病センターを統廃合して，2期に分けて再整備．建物周囲は道路に囲まれているため，外郭構造の鉄筋コンクリートとガラスによるストライプの壁面で4面を構成し，周囲の景観に配慮している．景観条例の下，建物高さは30mに制限された中，外郭構造とフラットスラブによって，1期棟を8階建てとし，高度急性期医療を集約した．